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民进党党团干事长吴思瑶声称，“台湾民主基金会”成立至今运作扮演重要使命，该基金会章程没有规定台当局立法机构负责人出任董事长，但是过去惯例就是如此，民进党也会依循惯例。吴还辩称，民进党“卡韩”这些事情都是无中生有，都是恶意政治操弄。
不过昨天却有台媒报道称，当年台湾地区前领导人陈水扁和前台当局立法机构负责人王金平跨蓝绿所定下、执行长由台湾地区领导人所属政党来指派的所谓基金会“祖制”。吴思瑶昨天受访也称，民进党会依循惯例，也希望未来董事长在执行长人事上，也要依循惯例由赖清德来任命。
“台湾民主基金会”董事陈以信对此表示，不知道有这种“祖制”。依照该基金会组织章程的规定，“基金会设执行长一人，由董事长提名，经董事会同意后遴聘”。民进党口口声声说不“卡韩”，但却用所谓“祖制”当借口，卡住董事长任用执行长的人事权，破坏组织章程规定。这种混乱的做法，只有民进党做得出来。
国民党“立委”王鸿薇表示，“台湾民主基金会”身为财团法人，都是要依照组织章程，为什么一位执行长要由台湾地区领导人任命？她批民进党声称不卡韩国瑜，却要架空韩当虚位的董事长，民进党是想继续把持而吃相难看。
“台湾民主基金会”副执行长廖达琪表示，依章程白纸黑字很清楚，执行长由董事长提名，并没有什么“祖制”。廖也提到，陈水扁时代，王金平担任董事长也尊重王金平，就是依照“法规”，“法规”上就是规定，指派执行长就是董事长的权力。
台湾“中时新闻网”发表文章指出，“台湾民主基金会”每年编列的补助经费虽有千万元（新台币，下同），但各政党都能向其申请符合其成立要旨的经费，并依照政党在台当局立法机构的席次分配，所以很难说是专属绿营的小金库。且绿营掌握“执政权”，公营事业还有各“部会”旗下的基金会可多着了，现在却独钟一个“台湾民主基金会”不放，频频出手阻拦或是制约韩国瑜。表面上是意识形态之争，但反抗力度之大，不免令人怀疑其中藏有什么猫腻。
王鸿薇此前揭露，“台湾民主基金会”补助名单充满“绿友友”，包括台当局前立法机构负责人游锡堃之子，还有现在成为民进党“立委”的沈伯洋、民进党前副祕书长林飞帆等人。前基金会副执行长陈婉宜还曾私相授受，以基金会预算四度补助她先生寇谧将。台媒认为，这样的结构不免让人怀疑，与其说这是一个小金库，不如说是豢养绿营侧翼与绿营“政二代”的温床，甚至有其他无法公开的“机密任务”？
台湾“中时文章”指出，民进党近期动作频频，先是抛出所谓民间团体担心韩国瑜出任基金会董事长，接着又要韩国瑜当董事长还是要尊重“执政党”任命执行长的“祖制”。台对外事务主管部门也是迟迟未召开董事会进行改组，各种拖延、阻拦，很难让人不去怀疑葫芦里究竟卖什么药。“台湾民主基金会”的小金库不大，但其中水似乎很深。名目上有公布出来的预算支出，台面下还有什么预算使用方式，国民党团掌握基金会之后，都应该查清楚，还给台湾人一个真相。
另据报道，针对“台湾民主基金会”新任执行长，近韩人士指出，目前韩国瑜尚未有想法，尊重基金会运作，且尚须待台当局对外事务主管部门召开董事会。至于绿营所谓“祖制”说法，韩办对此未回应。
